Mateusz Skrzypczak urodził się w Poznaniu i od najmłodszych lat występował w drużynach juniorskich Kolejorza. W Lechu zadebiutował jako nastolatek w 2019 roku, a trzy lata później świętował z nim pierwsze mistrzostwo Polski. Po sezonie 2021/2022 opuścił rodzinne stronny z zaledwie siedmioma rozegranymi meczami w pierwszym zespole. W Jagiellonii Białystok pokazał pełnię swoich możliwości, świętując kolejny tytuł mistrzowski, debiutując w reprezentacji Polski i wygrywając nagrodę Obrońcy Sezonu. Jako gotowy produkt wraca do Lecha Poznań i wiąże się z nim na dłużej. Kontrakt ze swoim klubem podpisał do 30 czerwca 2029 roku.